Eine besondere Pracht entfalteten im Barock die Klöster, vor allem im süddeutschen und östereichischen Raum. Viele Klöster wurden während der Bauernkriege oder im Dreißigjährigen Krieg schwer beschädigt oder zerstört.  Wenn es nicht ganz aufgegeben wurde oder in der Reformation aufgelöst wurde, baute man in der neuen Friedensphase nach den Jahren des Chaos die Abteien komplett neu. Sie zeugen vom neuen alten Reichtum der Klöster und sind nicht selten eine Demonstration der Macht und der Bedeutung, die sie vor allem in katholischen Gebieten wieder erlangen durften. Dabei wurden die mächtigen Gebäude oft nur von wenigen Mönchen bewohnt, die das klösterliche Leben seit Jahrhunderten weiter trugen. 

Dabei ähnelt das Kloster nun immer mehr einem Schloss. Armut und Bescheidenheit findet man allenfalls bei Reformorden wie den Minoriten oder manchen Bettelorden. Die großen benediktinischen Abteien oder die Klöster der Zisterzienser wurden komplett barock erneuert und zu komplexen Schlossanlagen mit meheren Innenhöfen umgestaltet. Typische Elemente der Barockabtei sind der repräsentative Westbau mit aufwändigem Treppenhaus und Prunkräumen etwa einem Kaisersaal, der dem Status einer Reichsabtei gleich kam. Zu den schönsten Errungenschaften barocker Klosterbaukunst gehören prächtige Bibliotheken mit allegorischen Darstellungen der Wissenschaften, die die wertvollsten Schätze eines Klosters aufbewahrten in jahrhunderte alten Schriften. Manche Klöster leisteten sich prächtige Wallfahrtskirchen in ihrer Nähe (Birnau - Salem, Vierzehnheiligen - Langheim, Schönenberg - Ellwangen).

Sofern die alte Klosterkirche nicht belassen (Salem) oder barockisiert wurde (Ochsenhausen, Ellwangen) gehörte zum Neubau auch eine neue und prächtige barocke Kirche mit den typischen Formen des barocken Kirchenbaus (vgl. Kirchen) mit eine Doppelturmfassade (Zwiefalten, Waldsassen), Einturmfassade (Zwettl) oder turmloser Fassade (Ochsenhausen). Die ordenstypischen Baugewohnheiten verschwimmen im Barock ganz und die Bauten zeichnen sich durch große Freiheit im Plan und großer Uniformität im Stil aus.

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